Varsinais-Suomen museonystävät ry:n jaostojen tehtävänä on ideoida ja toteuttaa omaan toimialaansa liittyviä tapahtumia, retkiä ja koulutusta. Tällä hetkellä yhdistyksessä toimii aktiivisesti kolme jaostoa: arkeologia-, matka- ja taidejaosto.

Jaostot tiedottavat toiminnastaan kotisivujen Ajankohtaista -palstalla sekä jäsenkirjeiden yhteydessä.